Faktorer, der påvirker elektroforetisk fænomener
Hvis du håber at splitte DNA- og RNA-molekyler ved hjælp af elektroforese, at forstå de forskellige faktorer, der kan påvirke migration hastighed er absolut nødvendigt. Det er i sidste ende en fremgangsmåde til adskillelse af opløste partikler (ting opløst i en opløsning) ved, hvor hurtigt de bevæger sig under indflydelse af et elektrisk felt. Dette var en vigtig teknik i Human Genome Project, fordi DNA-molekyler indeholder negativt ladede phosphatgrupper. En af de mest almindelige typer af elektroforese er agarosegelelektroforese, som har en unik indvirkende faktor forbundet med det.
Oplad
Elektroforese er ligesom sigtning hjælp elektromagnetiske kraft, så afgiften anvendt på løsningen har en bemærkelsesværdig virkning på satserne for migration. En højere afgift giver mere kraft, som gør det muligt de konstituerende molekyler til at bevæge sig hurtigere. Omvendt vil en mindre afgift reducere molekylernes hastighed bevægelighed. Dette er på grund af størrelsen af de "spændingsgradient" mellem positive og negative ladninger. I enkle vendinger, betyder dette, at en højere spænding vil øge hastigheden af bevægelsen, men virkningen af dette er begrænset af det faktum, at høje spændinger kan forårsage gelmediet at smelte.
Størrelse
Elektroforese er almindeligt anvendt til at adskille DNA og RNA molekyler efter størrelse, så størrelsen af opløste molekyler har en indvirkning på, hvor hurtigt de bevæger sig. Som du måske forvente fra din hverdag erfaring med bevægelse af genstande med en kraft, mindre partikler bevæger langt hurtigere og lettere end de større. I gelelektroforese gelen fungerer som en "matrix", gennem hvilken DNA og RNA skal flytte. Af denne grund bliver større molekyler "sammenfiltrede" (og derfor bremset) meget lettere end mindre. Denne varierende "elektroforetisk mobilitet" er den mekanisme, ved hvilken DNA og RNA er adskilt efter størrelse under processen.
Shape
Formen af opløste molekyler påvirker også, hvor hurtigt de bevæger sig under påvirkning af en elektromagnetisk felt. Fibrøse proteiner bevæger sig langsommere end globulære proteiner (lignende enzymer), idet deres kantede form skaber mere friktion og dermed sinker bevægelsen. Med afrundede kanter, kugleformede proteiner lider langt mindre fra denne effekt og kan derfor bevæge sig hurtigere.
Agarose koncentration af gel
Den agarose indhold af gelen gennem hvilken molekylerne bevæger kan også påvirke deres elektroforetiske mobilitet. Dette kan forstås let ved hjælp af sigten metafor: forøgelse af koncentrationen af agarose er ligesom at reducere størrelsen af hullerne i sigten. Ved dannelse af en mere tæt pakket matrix, migration hastighed af molekylerne falder. Men højere koncentrationer af agarose mulighed for effektiv adskillelse af mindre molekyler.