Sådan beregne længden af DNA-fragmenter
DNA forskning er på forkant af videnskab, men du kan få hands-on erfaring og beregne længden af DNA-fragmenter for dig selv, hvis du har adgang til det rette udstyr. For at gøre dette skal du først sætte en DNA-prøve med restriktionsenzymer - disse er protein katalysatorer, som opdelt DNA ved specifikke punkter - til en særlig gel. En elektrisk strøm ledes derefter gennem gelen at fraktionere prøven. De resulterende fragmenter er derefter sammenlignet med en standard, med en kendt længde - kaldet en "DNA-stige" - størrelse dem.
Instruktioner
• Forbered gel til DNA-prøverne. Bland agarose - som gør det muligt forskellige størrelser molekyler at bevæge sig gennem det på forskellige satser - med nok TBE elektroforesebuffer at fylde omkring en tredjedel af en konisk kolbe. Bufferen tillader elektrisk strøm at passere gennem opløsningen, og den nøjagtige mængde af agarose nødvendige, afhænger af størrelsen af DNA-prøver. Mikrobølgeovn og derefter blande blandingen, indtil agarosen er fuldstændigt opløst, på hvilket tidspunkt tilføje DNA-farve eller farvestof. Når afkølet hæld blandingen i bakken af en elektroforese kit med en kam er placeret i bunden til at skabe forme. Fjern kammen når gelen er indstillet.
• Tilføj DNA-prøver, der skal separeres. Først tilføje en belastning farvestof til DNA-prøver. Farvestoffet tillader DNA-prøver at synke ned i agarosegelen og hjælper med at spore, hvor langt prøven er gået. Derefter tilsættes tilstrækkelig puffer til at dække overfladen af gelen. Tænd strømmen på elektroforese maskinen. Kontroller, at bobler dukker ved elektroderne for at kontrollere strøm passerer igennem, før du tænder for strømmen. Næste indlæse DNA-prøver og en DNA-stige ind i gelen, lægge låg på, og tænd for strømmen igen, indtil farvestoffet og fragmenter har rejst gennem gelen. Sluk for strømmen og tag gelboksen låg.
• Fjern gelen fra gelen kassen. Ved udsættelse for ultraviolet lys de adskilte bånd DNA bør være klart defineret. Tag et billede af gelen, så du kan analysere reults af forsøget. Bortskaf gelen og kører buffer.
• Sammenlign DNA stigen med bånd DNA-prøven for at beregne længden af fragmenterne. DNA længden er målt i basepar (bp). Mål hvor langt DNA stigen fragmenter rejste i centimeter og plotte datapunkter på en graf til at vise distance versus fragment størrelse. Den venstre akse diagrammet skal vise fragmentstørrelse - f.eks 0bp til 1600bp - og de nederste akse centimeter - f.eks 0 og 10 cm. Tegn en linje af bedste fit gennem datapunkterne på din graf til at skabe en standard kurve. Du skal blot måle, hvor langt den ukendte prøve DNA-fragment rejste i centimeter og interpolere dens størrelse baseret på standardkurven du oprettede fra DNA stigen.